Vào năm 2000, Lee là ca sĩ khách mời trong ca khúc "Breathe (The Summit Church: Summit Worship" của David Hodges[19]. Cô hát bè trong ca khúc "Missing You" trong album ra mắt "Believe" của Big Dismal.[20], và hát giọng đệm trong 2 bài hát của "The Damming Well", mặc dù cuối cũng giọng của cô đã bị bỏ đi vì lý do liên quan đến nhãn hiệu thu âm [20]. Sau đó cô biểu diễn song ca với bạn trai cũ Shaun Morgan trong ca khúc "Broken" cho ban nhạc Seether nằm trong album Disclaimer II. Ca khúc cũng được làm một trong những ca khúc nhạc nền cho phim The Punisher năm 2004.

Năm 2004, Lee tuyên bố mình đang sáng tác nhạc nền cho phim "Biên niên sử Narnia: Sư tử, phù thủy và chiếc tủ quần áo", nhưng tác phẩm đã bị từ chối vì quá u tối và hùng tráng. Những người sản xuất phim cho biết họ chưa bao giờ có ý định mời Lee viết nhạc cho bộ phim, mà là Harry Gregson Williams, và không có nhạc Evanescence nào được lên kế hoạch làm nhạc nền của phim cả.[21][22] Trong khi có một số lời đồn rằng một trong số các bài hát đó đã được cắt và chỉnh sửa làm ca khúc cho album "The Open Door", Lee bác bỏ chúng ngoại trừ việc một phần của nó được đưa vào bài hát cuối cùng của album, "Good Enough".[23]

Lee trở thành chủ tịch người Mỹ của quỹ Out of the Shadows vào năm 2006, tổ chức này là 1 quỹ quốc tế có mục tiêu tuyên truyền giáo dục về bệnh động kinh. Em trai của Lee, Robby, trước đó được chẩn đoán mang bệnh này.[24]

Amy còn là một khách mời xuất hiện tại video clip của Johnny Cash " God's Gonna Cut You Down" vào cuối năm 2006 [25]. Lee chọn cách xuất hiện lúc đang đặt 1 bó hoa trên mộ. Cô thu hình tại Nhà thờ Trinity ở Manhattan. Trong suốt quá trình, cô mặc một chiếc áo khoác nhung đen đã từng là của Tim Burton.[8]

Tại chương trình Korn's MTV unplugged: Korn, Amy đã song ca với Korn ca khúc "Freak on a Leash". Ca khúc này cũng là đĩa đơn đầu tiên của album được phát hành trên truyền hình và radio khoảng tháng 2 năm 2007.

Amy còn tham gia "Family Values Tour" cùng Korn và một số band khác vào năm 2007

Trong album "Nightmare Revisited" phát hành ngày 30 tháng 9 năm 2008, Lee đã hát bản làm lại của ca khúc "Sally’s song". Album này bao gồm các bài hát cũ từ bộ phim "The Nightmare before Christmas" được hát lại. Amy Lee đã biểu diễn ca khúc này tại buổi tái ra mắt "The Nightmare Before Christmas" (ngày 17 tháng 10), và trong chương trình "Tonight Show with Jay Leno" (ngày 13 tháng 10).[26][27][28]